Waksmandgsgsg nghiên cứu các hợp chất hữu cơ— phần lớn là các sinh vật sống trong đất— và sự phân hủy của chúng đã đẩy mạnh việc khám phá ra Streptomycin, cùng nhiều thuốc kháng sinh khác. Ông là giáo sư môn hóa sinh và vi sinh học ở Đại học Rutgers trong 4 thập niên. Công trình nghiên cứu của ông đã dẫn tới việc khám phá ra trên 20 thuốc kháng sinh (từ này do ông đặt ra) và các trình tự tiến hành sản xuất đã dẫn tới việc phát triển nhiều thuốc kháng sinh khác. Số tiền thu nhập từ các bằng sáng chế của ông đã được dùng để tài trợ một quỹ nghiên cứu vi sinh học, quỹ này thiết lập Viện Vi sinh học Waksman tọa lạc ở khu trường sở Busch của Đại học Rutgers tại Piscataway, New Jersey (Hoa Kỳ).

Chính ở đại học Rutgers, đội nghiên cứu của Waksman đã khám phá ra nhiều thuốc kháng sinh, trong đó có actinomycin, clavacin, streptothricin, streptomycin, grisein, neomycin, fradicin, candicidin, candidin, cùng nhiều thuốc khác. Hai thuốc trong số đó - streptomycin và neomycin – đã được áp dụng rộng rãi trong chữa trị vô số bệnh nhiễm trùng. Streptomycin là thuốc kháng sinh đầu tiên có thể dùng để chữa lành bệnh lao. Waksman đã tạo ra thuật ngữ antibiotics (thuốc kháng sinh).

Streptomycin

Mặc dù Waksman đã nghiên cứu họ sinh vật Streptomyces từ khi còn là sinh viên, nhưng các chi tiết và công trạng về việc khám phá ra việc dùng nó như thuốc kháng sinh streptomycin bị một trong các sinh viên của Waksman là Albert Schatz không thừa nhận, dẫn tới vụ tranh chấp. Ban đầu Đại học Rutgers và Waksman kịch liệt phủ nhận các luận cứ của Albert Schatz, nhưng tài liệu lưu trữ của chính Selman Waksman, được dự án lịch sử Electronic New Jersey đưa ra ánh sáng, đã cho Waksman và Đại học Rutgers biết là họ bị rắc rối. Vụ tranh chấp này kết thúc bằng một sự dàn xếp quan trọng và quyết định chính thức là Waksman và Schatz được coi là người đồng phát hiện ra streptomycin. Schatz phát hiện ra streptomycin khi làm việc trong phòng thí nghiệm của Waksman và sử dụng các thiết bị của ông[2].

Năm 2004, tác giả Inge Auerbacher cùng viết chung với Schatz quyển Finding Dr. Schatz: The Discovery of Streptomycin and a Life It Saved. Sách này ghi chép việc khám phá streptomycin của Schatz và cuộc gặp Auerbacher, nạn nhân sống sót của cuộc diệt chủng Do Thái, người đã được hưởng thuốc kháng sinh này của anh. Một tài liệu mang cùng tên, "Finding Dr. Schatz", do Richard Colosi ở Rochester, New York viết, sẽ được xuất bản năm 2009.

Neomycin

Cũng giống như streptomycin, Neomycin được lấy ra từ actinomycetes do Hubert A. Lechevalier, một sinh viên đã tốt nghiệp làm việc chung với ông. Việc phát hiện này đã được đăng trên báo Science (Khoa học).[3]